تُستخدم الغرفة النظيفة بالمستشفى بشكل أساسي في غرفة العمليات المعيارية، ووحدة العناية المركزة، وغرفة العزل، وما إلى ذلك. تعد الغرفة النظيفة الطبية صناعة ضخمة وخاصة، وخاصة أن غرفة العمليات المعيارية لديها متطلبات عالية فيما يتعلق بنظافة الهواء. تعتبر غرفة العمليات المعيارية الجزء الأكثر أهمية في المستشفى وتتكون من غرفة العمليات الرئيسية والمنطقة المساعدة. المستوى النظيف المثالي بالقرب من طاولة التشغيل هو الوصول إلى الفئة 100. يوصى عادةً بسقف التدفق الصفحي المفلتر hepa بما لا يقل عن 3*3 متر في الأعلى، لذلك يمكن تغطية طاولة التشغيل والمشغل بالداخل. يمكن أن ينخفض معدل إصابة المريض في بيئة معقمة بأكثر من 10 مرات، لذلك يمكن تقليل استخدام المضادات الحيوية أو عدم استخدامها لتجنب إتلاف جهاز المناعة البشري.
خذ إحدى غرف المستشفى النظيفة كمثال. (الفلبين، 500 م2، فئة 100+10000)